ثابت شده‌است که علل بروز ناتوانی‌های یادگیری نسبتاً مبهم است برخی از مشکلات کنونی دربارهٔ مفهوم ناتوانی‌های یادگیری بازتابی است از ناتوانی ما در اشارهٔ دقیق به علل بروز ناتوانی‌های یادگیری که شاهدش هستیم. روشن است که آگاهانه یا ناآگاهانه مسئله علل بروز ناتوانی‌های یادگیری را به فراموشی و بی توجهی می‌سپاریم بر حسب درک ما از ناتوانی‌های یادگیری و نگرش اولیه حرفه‌ای ما (پزشکی، روان شناسی، تعلیم و تربیتی) نسبت به ناتوانی‌های یادگیری ممکن است ما به علل خاصی توجه پیدا کنیم تا آن که به رابطهٔ علّی دشواری بپردازیم.

اما تجربهٔ گذشته و عمل کنونی به ما ثابت می‌کند که ناتوانی‌های یادگیری مفهومی چندرشته‌ای است و پیوند میان کارشناسان رشته‌های گوناگون در این امر باید برقرار باشد.

الف) عوامل آموزشی

۱- تدریس ناکافی و ناصحیح به کودکان

۲- عدم فراگیری معلم از مهارت‌های لازم جهت تدریس درسهای پایه در مدارس

۳- توقعات بیش از اندازه بالا یا بسیار پایین معلمان

۴- برنامه ریزی و طرح برنامهٔ آموزشی ضعیف

۵- عدم فعالیتهای برانگیزنده

۶- تدریس عملی نادرست

۷- عدم آموزش مهارت‌های اجتماعی، یادگیری و حرکتی و جسمی و عدم پرداختن به یادگیری‌های زبان شفاهی

۸- استفاده نادرست از روشها و مداد و برنامه درسی

ب) عوامل محیطی

عوامل محیطی بسیاری وجود د دارد که می‌تواند به پیچیدگی ناتوانی‌های یادگیری بیفزاید و حتی شاید سبب ساز آن باشد. - تغذیه، بهداشت، تندرستی

انگیزش ضعیف توجه ناکافی و ضعف در انجام کار بر اثر گرسنگی و وجود رنگ‌ها و مزه‌های مصنوعی در غذاها طبق نظر فاین گولد روی تحرک بیش از حد کودک مؤثر است.

سرماخوردگی مزمن، مشکلات تنفسی، آلرژیها و … در ناتوانی یادگیری کودک مؤثر است.

سقوط، آسیب دیدگی مغزی، ضربه وارد به سر و … در ناتوانی یادگیری مؤثر است.

- تحریک حسی

کودک در حال رشد نیازمند درون دادهای حسی است تا درباره محیط و خود و هر دو بیاموزد یعنی کودک به تجربه‌هایی نیاز دارد تا بیاموزد که چگونه بیاموزد.

- تحریک زبانی

زبان به واسطهٔ نقشش در تفکر و یادگیری سایر مهارتها در محیط زندگی کودک جایگاه ویژه‌ای دارد و ممکن است ناتوانی کودک از نبود مدل‌های درست در اوایل رشد وی سرچشمه گرفته باشد.

- رشد اجتماعی و عاطفی

بسیاری از کودکان مبتلا به ناتوانی یادگیری مضطرب، نامطمئن و بی اختیار و سرکش هستند که ممکن است این رفتارها با فقدان امنیت طبیعی، ثبات محبت و گرمی و پذیرش در منزل و محیط مدرسه پیوند داشته باشد.

ج) عوامل روانی

امکان دارد کودکان مبتلا به ناتوانی‌های یادگیری در عملکردهای روانی پایه چون ادراک، حافظه و شکل درون به مفاهیم اختلال داشته باشند. د- عوامل فیزیولوژیکی

بسیاری از متخصصان بر این باورند که علل اساسی و عمده ناتوانی‌های یادگیری آسیب دیدگی مغزی، شدید یا جزیی و صدمه وارده به دستگاه عصبی و مرکزی است.

ه- عوامل ژنتیکی

شواهدی در دست است که نشان می‌دهد ناتوانی‌های یادگیری احتمالاً در برخی خانواده‌ها بیش از دیگران دیده می‌شود در واقع عوامل ژنتیکی در شمار وسیعی از ناتوانی‌های یادگیری نقش دارد.

ز – عوامل بیوشیمیایی

اختلال‌های گوناگون متابولیکی در حکم عواملی هستند که موجب ناتوانی‌های یادگیری می‌شوند مثل هایپوگلیسمی، کم کاری تیروئید و …

و- عوامل پیش، هنگام و بعد از تولد

ژ- تاخیر رشد

بندر، دهریش، جانسکی، لانگ فود … اظهار می‌دارند که عدم ظهور علائم رشد برخی از کودکان مبتلا به ناتوانی یادگیری ممکن است از تاخیر رشد برخی اجزای دستگاه عصبی مرکزی سرچشمه گرفته باشد که این گونه کودکان پس از بزرگتر شدن بر این مشکلات غلبه می‌کنند.

چ- نقص جزیی در کار مغز

به نظر می‌آید هر گونه نتیجه گیری دربارهٔ حیاتی بودن آسیب دیدگی مغزی در کودکان مبتلا به ناتوانی یادگیری در بهترین شرایط فقط جنبه تجربی و آزمایشی دارد.